染色质免疫共沉淀（CHIP）

染色质免疫共沉淀

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与新一代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

一、ChIP实验操作流程

1.样品准备与交联

细胞收集后，用1%的formaldehyde处理细胞，交联核酸与DNA结合蛋白；

2.超声打断染色质

裂解细胞，用超声波将染色质超声破碎成200－1000bp片断；将片段分为两份，一份用于免疫共沉淀，一份用于对照。

   图1染色质免疫共沉淀实验流程                                              图2　超声破碎后DNA电泳图（lane2）

3.免疫共沉淀(IP)

取B步骤所得一份片断与ChIP特异抗体结合进行免疫共沉淀，利用免疫磁珠法富集抗体复合物。

4.解交联及纯化DNA

将富集的DNA/蛋白复合物解交联释放DNA片段，并进行纯化（IP DNA）；B步骤所得用于对照（Input DNA）的片断作不进行IP实验，但也要解交联并纯化。

5.DNA段PCR扩增

针对ChIP DNA, Input DNA及对照DNA的目的片段设计特异性引物并进行荧光定量PCR扩增。

6.结果分析

%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%

Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)]

应用领域：

•  判断DNA链的某一特定位置组蛋白修饰的类型

•  精确定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点

•  组蛋白共价修饰与基因表达的关系的研究

•  转录因子结合位点和功能研究

产品优势：

•  检测覆盖范围广：全基因组范围内扫描目标区域；

•  检测分辨率高：更利于精确定位目标区域；

•  样本需要量低：需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng；

•  可靠性好：避免了非特异性杂交，背景低；

•  性价比高：花费较少即可检测全基因组，获取准确丰富的信息。